本大会のマラソンコースは、平成８年に財団法人日本陸上競技連盟の公認を受けたコースですが、今般、次のように変更をします。
| スタート地点 | … 変更なし | |
| ５ｋｍ地点 | … 現在地より | ３．０ｍ先に移動させる |
| １０ｋｍ地点 | … 現在地より | １９．０ｍ先に移動させる |
| １５ｋｍ地点 | … 現在地より | １７．０ｍ先に移動させる |
| ２０ｋｍ地点 | … 現在地より | １８．０ｍ先に移動させる |
| 中間点 | … 現在地より | ３１．０ｍ手前に移動させる |
| ２５ｋｍ地点 | … 現在地より | １６．０ｍ先に移動させる |
| 久原折返し | … 現在地より | ８９．５ｍ西に移動させる |
| ３０ｋｍ地点 | … 現在地より | １９１．０ｍ先に移動させる |
| ３５ｋｍ地点 | … 現在地より | １８８．０ｍ先に移動させる |
| ４０ｋｍ地点 | … 現在地より | １８１．０ｍ先に移動させる |
| フィニッシュ地点 | … 変更なし |
※ ハーフマラソンコースについては、変更はありません。
本大会のコースは、平成８年に財団法人日本陸上競技連盟（日本陸連）の公認を受けたコースです。公認コースは、５年に１度の更新手続きが必要ですが、今回２度目の更新に当たり、日本陸連及び大分陸上競技協会の検定員が全コースを測定しました。
その結果、１７９ｍ長い（４２．３７４ｋｍ）ことが判明したことから、久原折返し地点を８９．５ｍ西に移動し、１７９ｍ短縮するものです。
同時に、各ポイントを移動し、測定結果に合わせます。
過去のレースの結果（記録）については、コースについて日本陸連の公認を得ていたことから有効です。
